הקורסים מותאמים ללמידה עצמית: רבים מהם מחולקים ליחידות לימוד שכל אחת מהן עוסקת בנושא מוגדר ומתוכננת ללמידה בזמן קצוב, חומר הלימוד מוצג בבהירות מרבית, ומשולבים בו "כלי למידה עצמית" כמו שאלות מנחות, שאלות או תרגילים פתורים, ולעתים אף שאלות להערכה עצמית.
חלק מן הקורסים מבוססים על ספרי לימוד קיימים או מקראות (לעתים באנגלית), ומלוּוים במדריך למידה מפורט, המכיל את "כלי הלמידה העצמית" האופייניים לספרי הקורסים של האוניברסיטה הפתוחה. במדריך הלמידה מקבלים הסטודנטים הבהרות בדבר חומר הלימוד שעליהם לקרוא, כמו גם הסברים והרחבה על קטעים או נושאים בספר הלימוד הדורשים זאת, בצד שאלות מנחות.
בכל קורס יש רכיבים של מפגשי הנחיה קבוצתית בכיתות לימוד (שאינם חובה), ובמקצת הקורסים יש סיורים מודרכים או ימי עיון תקופתיים שברוב המקרים אינם חובה, אם כי מומלץ מאוד להשתתף בהם.
מפגשי הנחיה נערכים במרכזי הלימוד של האוניברסיטה הפתוחה ברחבי הארץ. חלק ממרכזי הלימוד מציעים לסטודנטים שירותי ספרייה וציוד עזר, ומשמשים מקום מפגש לסטודנטים (עם המנחה או בלעדיו). הסטודנטים יכולים לבחור במפגשי הנחיה רגילה, במפגשי הנחיה מוגברת, במפגשי הנחיה אינטראקטיביים מרחוק ואף בלימודים ללא מפגשי הנחיה.
נוסף על כך, האוניברסיטה הפתוחה משלבת בקורסים טכנולוגיות מתקדמות לשיפור ההוראה מרחוק. ברוב הקורסים יש אתר אינטרנט, הכולל, בין היתר, מידע משלים, הפניות למאגרי מידע ולאתרים שונים באינטרנט הקשורים לחומר הקורס, חומרי מולטי מדיה וכן אפשרות לתקשורת שוטפת של הסטודנטים עם צוות ההוראה של הקורס, ובכלל זה משלוח המטלות למנחים באמצעות מערכת שנועדה לכך במיוחד, ועם עמיתיהם ללימוד הקורס. בחלק מן האתרים משולבים כותרי מולטימדיה המעשירים את הקורס בחומרים אודיו-ויזואליים אינטראקטיביים. בקורסים רבים מתקיימים מפגשי ההנחיה מקוונים באמצעות
מערכות טכנולוגיות מתקדמות.
מרכיב נוסף של הלימודים בקורס הן המטלות. סטודנטים בקורס של האוניברסיטה הפתוחה חייבים להגיש במהלך הסמסטר כמה מטלות, שהן תרגילים או עבודות מסוגים שונים. סטודנטים יכולים להגיש את המטלות באמצעות מערכת המטלות המקוונת או באמצעות הדואר או שהם יכולים למסור את המטלות למנחה במהלך מפגש ההנחיה. כמו כן חייבים הסטודנטים לעמוד בבחינת הגמר של הקורס. סטודנטים שנרשמו לקורס של האוניברסיטה הפתוחה מקבלים את חומרי הלימוד הכתובים של הקורס, ואת אלה מלווה חוברת הקורס המתארת בפירוט את מתכונת הקורס ואת מהלך הלימוד בו. החוברת, המוצגת גם באתר הקורס, מכילה פירוט של נושאי הלימוד בקורס, את לוח הזמנים והפעילויות שלו וכן את מועדי הגשת המטלות. עוד מכילה החוברת את מטלות הקורס וכן בחינות גמר לדוגמה, המייצגות שאלוני בחינה שניתנו בקורס בסמסטרים קודמים, ויכולה לשמש כלי עזר נוסף בלימוד הקורס ולסייע בהכנה למבחן.
לכל קורס יש מרכז הוראה הפועל יחד עם צוות הוראה המטפל בקשר עם הסטודנטים, בהנחיה של מפגשי לימוד, בבדיקת המטלות ובהדרכה בכתיבת עבודות.