תוכנית התואר השני בהיסטוריה כוללת קורסי חובה וקורסי בחירה בהיסטוריה רב-תרבותית, היסטוריה של עם ישראל והיסטוריה של המזרח התיכון.
בתוכנית מוצעים שני מסלולי לימודים לבחירה:
מסלול מחקרי ומחקרי ישיר הכולל 10 קורסים, עבודה סמינריונית אחת ותזה מחקרית, ומסלול עיוני הכולל 11 קורסים, 2 עבודות סמינריוניות ועבודת-בחינת גמר.
דרישות קבלה:
בתוכנית מוצע מסלול מחקרי ישיר, אליו יתקבלו בעלי תואר ראשון ותואר שני בתחומי ההיסטוריה בציון 90 לפחות, או בוגרי תואר ראשון ותואר שני בתחום אחר בציון 90 לפחות שסיימו לימודי השלמה בממוצע 90 לפחות, או בוגרי תואר שלישי.
למסלול העיוני יתקבלו בעלי תואר ראשון ותואר שני בהיסטוריה בציון 80 לפחות. אם לא למדו היסטוריה ברמה אקדמית יתבקשו המועמדים להשלמות.
ניתן לעבור מהמסלול העיוני למסלול המחקרי לאחר סיום קורס החובה היסטוריה, חברה ומדעי החברה ב' 12401, קורס בחירה אחד לפחות, ועבודה סמינריונית, בציון 90 לפחות בכל מרכיב.