תכנית התואר השני במדעי המחשב, מיועדת לבעלי תואר ראשון במדעי המחשב, או לבעלי תואר בתחום מדעי או הנדסי, אשר השלימו לימודי תעודה במדעי המחשב ועומדים בדרישות האוניברסיטה הפתוחה.
בדומה לתכניות התואר הראשון, התכנית משלבת מצוינות אקדמית עם סביבת לימודים גמישה, אשר מאפשרת למידה מרחוק. התכנית מתאימה גם לסטודנטים שאינם יכולים להגיע באופן סדיר לשיעורים פרונטליים, כדוגמת חיילים שהשלימו את לימודי התואר הראשון, או אנשים המועסקים במשרה מלאה ומבקשים להמשיך את לימודיהם במקביל לעבודתם.
הקבלה ללימודי התואר השני כרוכה בעמידה בתנאי קבלה, אך עם זאת, גם אלו שאינם עומדים בתנאים אלה, עשויים להתקבל כמועמדים על תנאי. בהתאם להישגיהם בקורסים הראשונים, הם יוכלו להתקבל ללימודים באופן מלא.
התכנית כוללת שני מסלולים: מסלול מחקרי, הכולל כתיבת תזה ומיועד לסטודנטים מצטיינים, ומסלול שאינו מחקרי, הכולל כתיבת עבודה מסכמת על ספרות מדעית-עדכנית בנושא מסוים במדעי המחשב. סטודנטים המתקבלים ללימודים לתואר שני במדעי המחשב, משובצים תחילה למסלול ללא תזה. סטודנטים מצטיינים יכולים לבקש לעבור למסלול עם תזה, במהלך לימודיהם.
מסלולי הלימודים מקנים כלים להתמודדות עם ידע תאורטי ויישומי מתקדם, כמו גם הכשרת סטודנטים מצטיינים לעבודה מחקרית ולהמשך לימודיהם לקראת דוקטורט.
סגל המחלקה עומד לרשות המתעניינים בלימודי תואר שני במדעי המחשב, במסגרת שעות הייעוץ הטלפוניות, כמפורט באתר המחלקה.